Dikutip dari Pikiran-Rakyat.com, pada periode 1999-2003, Nugraha Besoes harus rela melepas jabatan Sekjen PSSI kepada Tri Goestoro, tepatnya pada masa kepemimpinan Agum Gumelar.
Periode berikutnya, Nugraha kembali menjabat sebagai Sekjen PSSI pada masa kepemimpinan Ketua Umum Nurdin Halid, tepatnya pada kurun 2003-2011. Periode ini menjadi yang terakhir baginya menjabat Sekjen sebelum pamit dari PSSI.***